政府直属机构

• 自治区市场监督管理局
• 自治区广播电视局
• 自治区统计局
• 自治区机关事务管理局
• 自治区信访局
• 自治区林业和草原局
• 自治区扶贫开发办公室
• 自治区人民政府人民防空办公室
• 自治区地方金融监督管理局

政府部门管理机构

• 自治区粮食和物资储备局
• 自治区戒毒管理局
• 自治区监狱管理局
• 自治区畜牧兽医局
• 自治区药品监督管理局

中央驻疆政府机关

• 新疆煤炭工业管理局（煤矿安全监察局）
• 新疆维吾尔自治区地震局
• 新疆维吾尔自治区邮政局
• 乌鲁木齐海关
• 新疆维吾尔自治区税务局
• 民航乌鲁木齐管理局
• 新疆维吾尔自治区通信管理局
• 中国证券监督管理委员会新疆监管局
• 新疆出入境检验检疫局
• 中国人民银行乌鲁木齐中心支行
• 中国银行业监督管理委员会新疆监管局
• 财政部驻新疆专员办
• 中国保险监督管理委员会新疆监管局
• 新疆维吾尔自治区气象局